از دیگر موارد مطرح و بسیار جدی در سازه برج های هزاره سوم اصل وجودی زهکشی دراطراف این سازه و چگونگی طرح و اجرای آن بود.با توجه به عمق اجرای طرح و نتایج بدست آمده ازآزمایش های مکانیک خاک و تجربیات ثبت شده در طرح برج های هزاره سوم ، سطح آب زیر زمینیو آب های زیر جلدی در اطراف سازه به علت وجود قنات و نیز چاه های جذبی ساختمان های اطراف نسبت به سطح اجرای پی سازه بالاتر بوده  و وجود مواد مضر برای بتن در این آب ها نیز مزید بر علت شده  و صدمات غیر قابل جبرانی را به سطح پی و در نهایت سازه خواهد رساند ، از این رو :

 پس از تحقیق و تفحص گروه کارشناسی تعاونی مسکن آشیانه هلی کوپتر و تایید مشاور مادر طرح ،مشاوران مهان مهراز ، مشاور دریا خاک و پی به منظور مطالعات خاک و زهکشی  و طرح سازه و ساختار زهکشی انتخاب گردید.

                                                 

زهکشی طرح شده به نحوی بوده که تمامی سطح اطراف زیر سازه را تا شعاع مناسبی پوشش داده و آب زیر زمینی را به مکانی در حدود ششصد متردور تر از محل اجرای سازه برج های هزاره سوم منتقل می کند.در اجرای این زهکشی تعداد بسیار زیادی حلقه های چاه دسترسی ، گالری های رابط منهول و ... اجرا گردیده که کنترل عملیات در زیر زمین و کنترل دقیق مسیر و دقت در اجرای شبکه زهکشی از جمله موارد مشکل کار بود. همچنین پیش بینی مواردی برای دسترسی های بعدی در مرحله بهره برداری سازه نیز بسیار مهم و در عین حال تاثیر گذار می باشد.

                                                 

اجرای درناژ اطراف لوله ها ی وارد به منهول به منظور جمع اوری هر چه بیشتر ابهای سطحی

                                                 

اجرای یکی دیگر از انواع سرریزهای آب در زهکشی

                                                 

 میله یکی از زهکشی های داخل سازه برج هزاره سوم

میله یکی از زهکشی های خارج از سازه برج هزاره سوم در مسیر خیابان شیخ بهایی

                                                  

روش اجرای یکی از لوله های جمع اوری آبهای زیر جلدی در زیر پی سازه برج هزاره سوم